Kobajaši se dostal do středu pozornosti kvůli skandálu poté, co nezisková organizace Centrum Simona Wiesenthala odsoudila jeho antisemitské výroky v zábavných pořadech z minulosti, zejména návrh v jednom z nich „zahrát si na holokaust.“„Vyšlo najevo, že Kentaro Kobajaši používal ve svých minulých vystoupeních fráze, jejichž tématem byla bolestivá fakta z minulosti. V reakci na to přijal organizační výbor Olympijských her v Tokiu rozhodnutí zbavit funkce pana Kobajašiho z jeho funkce počínaje dneškem,“ uvádí se ve zprávě pro tisk. Předsedkyně organizačního výboru Seiko Hašimotová vyslovila kvůli tomuto incidentu omluvu. „Upřímně se omlouváme za způsobené nepříjemnosti,“ cituje ji agentura Kyodo.Hašimotová zdůraznila, že se „v současnosti koná revize celého ceremoniálu zahájení a projednání dalších kroků“.„Hodláme neodkladně dospět k rozhodnutí,“ zdůraznila.Režisér se omluvil za své výroky, které zazněly před 20 lety.„Je naprosto jasné, že na jednom videu pro mladé diváky z roku 1998 byly v textu, který jsem napsal, absolutně nemístné výroky. Práce komika nesmí vyvolat u lidí nepříjemné emoce. Uvědomuji si, že výrazy z této doby byly hloupé, a upřímně toho lituji. Upřímně se omlouvám,“ píše se v Kobajašiho komentáři zveřejněném organizačním výborem. Skandál s komikem vypukl doslova několik dní poté, co tým organizátorů ceremoniálu opustil autor hudby Keigo Oyamada. Také se stal terčem kritiky ze strany veřejnosti za ponižování v minulosti postižených dětí.