V posledních týdnech vypukl v koalici CDU/CSU, která tvoří spolu se sociálními demokraty německou koaliční vládu, konflikt kvůli rozporům v migrační politice. Seehofer vyvinul generální plán ve sféře migrace Masterplan Migration, který nepodpořila šéfka CDU, kancléřka Angela Merkelová.

Masterplan Migration stanovuje zákaz vstupu běžencům, kteří nemají doklady, a rovněž osobám, kterým byl již dříve odmítnut azyl. Odmítnutí mohlo souviset zejména s tím, že přistěhovalci požádali o azyl v jiné zemi EU.

Podle plánu mělo být toto opatření uskutečněno jednostranně bez dohody s evropskými sousedy. Merkelová ale trvá na celoevropském překonání tohoto problému a má za to, že návrh lídra CSU je v rozporu s evropskými pravidly o poskytnutí azylu a také s německou legislativou.

Stoupenci kancléřky poukazují na to, že bod o celoevropském překonání migrační krize je obsažen v koaliční dohodě, na jejímž základě pracuje nynější německá vláda.