V posledních týdnech vypukl v koalici CDU/CSU, která tvoří spolu se sociálními demokraty německou koaliční vládu, konflikt kvůli rozporům v migrační politice. Seehofer vyvinul generální plán ve sféře migrace Masterplan Migration, který nepodpořila šéfka CDU, kancléřka Angela Merkelová.

Masterplan Migration stanovuje zákaz vstupu běžencům, kteří nemají doklady, a rovněž osobám, kterým byl již dříve odmítnut azyl.